MALDI ToF

MALDI-TOF-MS bisa digunakan untuk analisa proteomik. Untuk organisme genom urutan yang dikenal identifikasi 'menarik' spot protein dari gel 2-D. Spot protein dipotong dan dicerna dengan protease tertentu (misalnya, tripsin memotong hanya pada sisi karbonil dari lisin dan arginin) dan fragmen diukur dengan MALDI-TOF. Ini sidik jari massa peptida kemudian dapat digunakan mencari database untuk mengidentifikasi protein (Blackstock & Weir, 1999; Yates, 2000).

 
Dalam metode MS ini,  yang digunakan adalah matriks padat, yang menyerap cahaya pada panjang gelombang laser. Sampel tersebut dicampur dengan larutan matriks   di piring sasaran. Ketika laser ditembakkan pada target matriks, menyerap energi laser cahaya yang menguap dan ini membawa  sampel. Pada saat itu, tegangan pulsa laser ditembakkan ke pelat target untuk mempercepat sampel terionisasi menuju analyzer massa time of flight. ToF ini dapat dioperasikan baik dalam modus linear atau reflectron dan dengan mudah dapat memisahkan protein hingga 500 kDa. Presisi metode ini sekitar 10 ppm.